故事发生在化身“江户川柯南”的前夕——高中生侦探工藤新一正与青梅竹马毛利兰同游米花水族馆。此行的真正目的，是为实施让分居中的兰的父母——毛利小五郎与妃英理破镜重圆的“水族馆惊喜重逢恋爱复活大作战”进行事前勘察。然而欢乐时光戛然而止。当察觉到人群尽头弥漫的异常气息，新一立刻断定发生命案，急忙让兰呼叫工作人员。面对兰“明明没听到尖叫为何能察觉案件”的疑问，新一沉声答道：“是血腥味……”此刻，这位绯色高中生侦探即将循着血味直抵现场，调动全部感官锁定真凶！而案件背后，竟暗藏着通往那场宿命邂逅的“第二次勘察”……！？

名侦探柯南真人版再次复活！不过这次上场的是变身为柯南前三个月的工藤新一的故事。爱好推理的高中生工藤新一（沟端淳平 饰）和其青梅竹马毛利兰（忽那汐里 饰）一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书，这个挑战书的背后是多个案件组成的连环推理，一环套一环，如同闯关游戏。新一、小兰、小兰的爸爸毛利小五郎（阵内孝则 饰）在一个密闭的房间里苏醒，等待他们的将是乌云密布的案件和处处有危机的现场。新一能否攻克重重障碍，最终走到答案揭晓的时刻呢？ 本片改编自漫画家青山刚昌的同名漫画，是真人版的第四弹。

在不久的将来的理想世界里，一个模范英雄的行为可能会毁掉他的生活。作为一个被抛弃的人，他必须在两个女人之间做出决定性的选择。在家庭和久违的爱情之间。在熟悉的幸福和未知的、危险的未来之间。

被黑暗组织的人灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一，化名为江户川柯南隐藏身份，并一直在暗地里调查黑暗组织的情报。知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀，灰原哀想从组织脱离，也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份。 铃木集团的新饭店落成，受铃木集团大小姐铃木园子的邀请，柯南、小兰、阿笠博士，小哀等人都出席了宴会。宴会当中，吃了蛋糕的柯南和小哀发觉身体起了异常的变化。原来在蛋糕里，含有那种能让他们身体暂时恢复原样的酒精成分。柯南和小哀也因此变回了原本的样子……

这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事。高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村。在那个村子里流传着巨大的伯劳鸟袭击村人，并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。而工藤新一将一步步解开村子内的怪鸟传说之谜。

本剧讲述了四星商事的上班族 嶋由香（松冈茉优 饰）被总公司发配到了下属的滨风水族馆当饲养员，于是她必须得面对不熟悉的工作内容，水族馆惨淡的营业状况，严厉的前辈梶良平（桐谷健太 饰），各种活生生的动物，以及最后，来自总公司上司的恶意。一个懵逼菜鸟饲养员成长的故事就此展开。其中，总公司的上司由【日本最讨人厌的课长】木下邦家出演，此君人称日剧界的安家和，拉仇恨和顶骂的能力堪称岛国一绝，有他出演基本上剩下的角色连带水缸里那条鲨鱼都看着像好人了

1954年中央电影局科学教育电影制片厂摄制。青岛水族馆是全国首家专业性海洋生物展馆，也是我国著名的以展示海洋生物为特色的自然科学博物馆。

在三年前某个晴朗的假日，还是初中生模样的工藤新一正在公园大秀球技。这时，一个面带忧郁的男子走过来，向他询问3天前是否在公园看到一个男孩。新一摇头否认，男人于是转而询问其他的人。此时新一却发现，就在不远的地方有两个神秘之人密切观察着他们。经进一步了解得知，那个男人名叫秋元宏一，在东京标准局工作，他被警察怀疑杀害了自己的奶奶，而他的供词又漏洞百出，因此秋元才四处寻找能够证明自己不在场的目击证人。 经过新一的启发，秋元记起曾有一白衣女子牵着黑色的狗经过他的身边。以此为契机，新一和秋元开始寻找目击证人……

在青梅竹马小兰（忽那汐里 饰）的鼓动下，工藤新一（溝端淳平 饰）半推半就乘上飞往京都的飞机，去观摩正在那里拍摄时代剧的毛利小五郎（陈内孝则 饰）的表演。飞行途中，名叫大鹰和洋（波冈一喜 饰）的摄影师陈尸洗手间，引起乘务组的恐慌。工藤新一就在1万英尺的高空展开推理。好不容易来到京都摄影所，针对男主角樱庭（中村俊介 饰）的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次（松坂桃李 饰）展开竞技般的推理……

以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！